按照微生物對能源物質和碳源物質的利用情況不同，可將其分為以下4種：光能自養(yǎng)型、光能異養(yǎng)型、化能自養(yǎng)型和化能異養(yǎng)型。

   1、光能自養(yǎng)型

      光能自養(yǎng)型微生物以光為能源，利用二氧化碳或碳酸鹽作為碳源，以水或還原態(tài)無機物作為供氫體同化二氧化碳，常見的光能自養(yǎng)型微生物有藻類、藍細菌和大多數(shù)光合細菌等。

  2、光能異養(yǎng)型

   光能異養(yǎng)型微生物以光為能源，利用簡單有機物（如有機酸、醇等）為供氫體來同化二氧化碳。紫色非硫細菌，如紅微菌屬等即是這種營養(yǎng)類型。有機物在這里除用作氫或電子供體外，也可被直接同化利用。

  3、化能自養(yǎng)型

    化能自養(yǎng)型微生物的能量來自于還原態(tài)無機化合物氧化所產(chǎn)生的化學能，碳源是二氧化碳或碳酸鹽，可在*是無機物的環(huán)境中生長。常見的化能自養(yǎng)型微生物包括硝化細菌、硫化細菌、鐵細菌合氫細菌等。

  4、化能異養(yǎng)型

    化能異養(yǎng)型微生物以有機物為能源和碳源，氮源可以是無機的，也可以是有機的。這類微生物的種類和數(shù)量都很多，包括絕大多數(shù)細菌和放線菌、幾乎全部的真菌和原生動物以及病毒等。